Compte tenu du mode particulier de recharge de la nappe du Champigny, le suivi des débits des rivières donne une autre image de l'infiltration probable des eaux superficielles vers la nappe et de l'entraînement des polluants. Ainsi le suivi des débits des rivières effectué par la DRIEE Ile de France permet d'avoir une idée de la recharge de la nappe : on suppose que plus le débit des cours d'eau est important, plus le débit des pertes vers la nappe sera conséquent.
Sur le périmètre d'AQUI'Brie, il y a deux stations de suivi de débit : à Courtomer sur l'Yerres et à Blandy sur l'Ancoeur.
Au cours de l'année 2012-2013, le débit de l'Yerres et de l'Ancoeur ont été supérieurs à la normale. Ce qui devrait être positif pour la recharge de la nappe.
En 2018-2019, le débit moyen annuel de l'Yerres à Courtomer, principal cours d'eau du territoire, a été de 1005 l/s, 365 l/s de moins que le débit moyen mesuré sur la période 1983-2010 de 1370 l/s. Cela s'explique par l'absence de pluies, en particulier en avril.
Mesure de débit
Les mesures de débit permettent aussi de préciser la pollution en concentration et en flux.
Le suivi des pesticides dans les cours d'eau est issu des réseaux de Contrôle Opérationnel (RCO) et de Surveillance (RCS) de l'Agence de l'eau seine normandie, du réseau d'Intérêt Départemental de Seine et Marne et du Contrôle interne de la Lyonnaise des eaux sur la prise de Morsang sur seine.
La base informatique AQUI'Qualité recense 1,8 million d'analyses de cours d'eau sur le périmètre du Champigny. Les grands cours d'eau (Grand Morin, Marne, Seine en amont de la Marne) ont une bonne qualité physico chimique par rapport aux petits de la Brie dans lesquels les rejets de stations d'épuration et d'industriels ont un fort impact. Les métaux lourds sont retrouvés principalement sur la frange ouest du territoire, là où l'activité industrielle est, ou a été, la plus dense. En revanche, les pesticides sont retrouvés dans tous les cours d'eau, avec des concentrations pouvant aller à plus de 1 µg/l dans certains.
Sur toutes les stations de petits cours d'eau suivies tous les ans depuis 2002, il y a eu entre 6 et 12 campagnes de prélèvements. Sur les 552 pesticides recherchés, 208 ont été quantifiés dont 53% sont des matières actives homologuées actuellement. Pour 77% des quantifications il s'agit d'herbicides ou de leurs produits de dégradation, suivis des fongicides (18%), des insecticides/ acaricides et leurs métabolites (3,3%), de régulateurs de croissance (0,4%) et d'autres pesticides (adjuvants, anti-mousse, molluscicides, taupicides,...). Le Glyphosate, l'isoproturon, le diuron, l'aminotriazole et le boscalid sont les plus quantifiés dans les cours d'eau.
Parmi les matières actives les plus quantifiées, on trouve 5 métabolites du métolachlore, métazachlore et dimétachlore. On trouve ensuite le glyphosate et son produit de dégradation, le diflufénicanil, le métazachlore, la bentazone et l'isoproturon.
Prélèvement pour analyse de la qualité de l'eau
L'Agence de l'eau Seine Normandie commence à rechercher sur quelques stations des substances émergentes, tels que les dioxines, nonylphénols, organostanniques, Polybromodiphényléthers, phtalates, etc... Les zones urbanisées semblent les plus touchées.
Dans la Brie, les orthophosphates restent des marqueurs des rejets industriels et plus généralement des stations d'épuration. Depuis les années 2000, leurs concentrations dans les cours d'eau tendent à diminuer car les traitements des stations d'épuration sont plus efficaces et les eaux usées de la frange ouest sont exportées aux unités de Valenton, Evry et Boissettes.