Les herbicides appliqués sur voirie ne peuvent se dégrader sur un sol minéral impérméable, ils sont donc lessivés par la pluie puis collectés par les réseaux d'assainissement. En zone agricole drainée les pesticides épandus en période de drainage actif sont collectés par les réseaux de drainage et transférés rapidement dans les cours d'eau.
Une fois que les pesticides atteignent le sol une multitude de mécanismes se développent et conditionnent la dispersion des pesticides vers l'eau, les plantes, le sol, la nappe :
Chaque pesticide va pouvoir se déplacer dans le sol plus ou moins vite, plus ou moins bien. Cela dépend du potentiel de mobilité des pesticides dans le milieu. Celui-ci est caractérisé par les paramètres suivants : solubilité, mobilité dans le sol, persistance dans le milieu, stabilité dans l'eau. Cependant le potentiel de mobilité ne suffit pas à expliquer à lui seul le transfert des pesticides dans les eaux.
D'autres facteurs participent en grande partie au transfert des pesticides vers les eaux :
La recharge de la nappe est largement influencée par l'infiltration des eaux superficielles dans la nappe, dans les zones infiltrantes (gouffres, pertes en rivières, secteur où la roche aquifère est peu profonde). Les bassins versants de surface qui croisent une zone de pertes en rivière constituent des zones à risque. Une fois dans l'eau, le temps de transfert du pesticide, depuis l'endroit où il a été appliqué jusqu'à l'endroit où il s'infiltre dans la nappe est de quelques jours, pendant lesquels il n'a généralement pas le temps de se dégrader.
Sur la carte de vulnérabilité intrinsèque les pesticides épandus sur les zones jaune, orangé et rouge représentent un risque à plus ou moins long terme pour la nappe.